Vor Jahren fraß ein mysteriöser Jaguarhai den besten Freund von Steve Zissou (Bill Murray). Nun reist der exzentrische Unterwasserforscher mit neuer Crew, hochfliegenden Plänen und Rache im Sinn auf eine neue Maritim-Exkursion.
Mit an Bord sind die hochschwangere Journalistin Jane (Oscar®-Preisträgerin Cate Blanchett - Aviator), sein vermeintlicher Sohn Ned (Owen Wilson Starsky & Hutch), sowie seine dominante Ehefrau Eleanor (Oscar®-Preisträgerin Anjelica Houston) der wahre Kopf des Team Ziss ...